大孔树脂本身的性质是重要的影响因素之一。如：比表面积、表面电性、能否与化合物形成氢键等。
（1）分子极性的大小
极性较大的化合物适宜于在中极性的树脂上分离，而极性较小的化合物则适于非极性树脂上分离。糖是极性水溶性化合物，与D型极性树脂吸附很弱，不被树脂吸附而被除去。
对于中极性树脂来说，被分离化合物分子上能形成氢键的基团越多，吸附力越强。
（2）洗脱剂 洗脱剂极性越小，洗脱能力越强。一般先用水，再用浓度逐渐升高的甲、乙醇。多糖、蛋白质、鞣质等水溶性杂质会随水流出，极性小的物质后被洗出。一般酸性化合物在适当酸性溶液中可被充分吸附，碱性化合物则在碱性条件下易被吸附，中性化合物在中性情况下吸附较好。
