特殊杂质是指在该药物的生产和贮存过程中，根据药物的性质、生产方式和工艺条件，有可能引入的杂质。这类杂质随药物的不同而异。由于特殊杂质多种多样，检查方法各异，故一般将其分成四大类：
一、物理法：
利用药物与杂质在嗅、味、挥发性、颜色、溶解及旋光性等上的差异，检查所含杂质是否符合限量规定。
二、化学反应法：
（一）容量分析方法：利用药物与杂质在酸碱性及氧化还原性等方面的差异，用标准溶液滴定来测定杂质含量。
（二）重量分析方法：在一定实验条件下测定遗留物重量。
（三）比色法和比浊法：利用杂质特有的呈色反应（比色法）和沉淀反应（比浊法）与标准对照。
三、色谱法：
（一）纸色谱法(Paper Chromatography,P.C)：取一定量供试品溶液杂质限量对照品溶液，于同一色谱滤纸上点样，展开，检出后，比较杂质斑点的个数、颜色深浅或荧光强度等。通常用于极性较大的药物或放射性药物的检查。该法展开时间长、斑点较为扩散、不能用强酸等腐蚀性显色剂。
（二）薄层色谱法(Thin Layer Chromatography,TLC)：类似纸色谱法，但较简便、快速、灵敏、不需特殊设备，适用于有机杂质的检查。另外，一般将与主药有密切相关的原料、中间体、副产物或分解产物等特殊杂质称为有关物质，将甾体类药物中的特殊杂质称为其它甾体。TLC法按操作方法又可归纳为如下几种情况：
1、在一定供试品及检查条件下，不允许有杂质斑点存在。
2、选用实际存在的待检杂质作为杂质对照品。
3、选用可能存在的某种杂质作为杂质对照品。
4、将供试品稀释到适当浓度作为杂质对照溶液。
5、选用质量符合规定的与供试品相同的药物作为杂质对照品。
（三）高效液相色谱法(High Performance Liquid Chromatography,HPLC)：本法分离效能高、专属性强和检测灵敏，适用于有机杂质，但更多地用于含量测定。
（四）气相色谱法(Gas Chromatography,GC)：主要用于挥发性有机杂质和有机溶剂残留量的检查。
