首先，报考的条件不一样。
企业管理硕士只要符合国家统一的报考规定即可，也就是说，应届生与在职人员均可报考。报考MBA必须是大学本科毕业后有3年或3年以上工作经验的人员;大专毕业后有5年或5年以上工作经验的人员;已获硕士学位或博士学位并有2年或2年以上工作经验的人员(指毕业日到入学日)。
其次，考试科目不一样。
MBA入学考试要参加全国试点62所院校的联考，联考科目是政治、数学、英语、管理、语文与逻辑。
第三，试题难度不同。
一般来说，报考企业管理硕士参加的全国统一入学考试英语、数学的难度要高于MBA，但由于国内MBA报考人数直线上升，竞争也相应越来越激烈。
第四，培养方式不同。
企业管理硕士生一般为国家培养，每个月有200元以上的补助，也有委托培养和自筹经费培养的学生，MBA一律为自筹经费或者单位委培。
第五，培养目标不同。
MBA的培养目标是优秀的企业家和实践工作人员，如清华大学经济管理学院MBA毕业生应当能够胜任工商企业和经济管理部门中、高级职务的工作，是能够适应未来社会激烈竞争的复合型人才。如北大光华管理学院MBA项目面向跨国公司、大型国有企业、大型民营企业和大型金融机构。一般情况下，企业管理硕士毕业生理论功底扎实，MBA学员因为其入学前已经有相当的实践经验，同时学习过程中也注重与实践的结合，能很快适应企业的实际工作。
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