然而，无领导小组讨论的一个突出缺点就是基于同一个背景材料下的各个不同小组讨论的气氛和基调可能完全不同。有的小组气氛比较活跃，比较有挑战性，而有的小组的气氛则比较平静，节奏比较缓慢，甚至显得死气沉沉。一个被评价者的表现会过多地依赖于同一小组中的其他被评价者的表现，一个很健谈的人遇到了一些比他更活跃的人物时，反而会让人觉得他是比较寡言的，一个说服力不是很强的人在一个其他人更不具有说服力的群体中，反而会显得说服能力很强。这说明不同无领导小组讨论小组之间缺乏横向比较性。
另外，无领导小组讨论对测试题目的要求较高，题目的好坏直接影响了对被评价者的评价的全面性与准确性。这种评价方式对评价者的评分技术要求比较高，而且评价标准相对不易掌握，评价者必须接受专门的培训。对被评价者的评价易受评价者的主观影响(如偏见和误解)，这容易导致评价者对被评价者评价结果的不一致。被评价者有存在做戏、表演或者伪装的可能性，其经验可能也会影响其能力的真正表现。
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